———- pdb 4S0V ————-
Cette pose cristallographique est différente de 6TOT (ci-dessous pour rappel).
Antagonistes actifs
SUVOREXANT (ligand du pdb)
Première solution proposée par pathDock. C’est un profil de chemin idéal avec une descente en énergie qui commence bien avant l’entrée dans la cavité.
MAIS le SUVOREXANT ne rentre pas dans la cavité du pdb 6TOT. Ce ci montre que les molécules attendent la conformation idéale de celle-ci pour y rentrer.
Ici, la configuration finale est complètement différente de celle de la pose cristallographique comme si le SUVOREXANT avait la possibilité de prendre d’autres conformations dans la cavité. Cependant, après vérification, la conformation de la pose cristallographique ne fait pas partie des conformations les plus stables !
DARIDOREXANT
?
Molécules inactives
CHEMBL497565
17 085 conformations au bout de 3×24 dockings avec SMINA (rmsd=1,25A pour le clustering)
Pour cette molécule dans ce pdb, la solution est simple, toutes les solutions convergent vers une conformation qui n’est pas dans la cavité. C’est donc bien une molécule inactive.