Le site est défini par le PDB 7XTC.
Vue utilisée
Cette protéine fait partie des Serotonin (5-HT) receptor dans la Chembl.
Etudes de la molécule trouvée dans la Chembl
Enantiomère n°1
smiles: Cc1ccc(-c2ccccc2[C@H]2CCNC2)cc1C
Les 10_000 conformations les plus stables ont été utilisées pour rechercher un chemin.
La conformation la plus stable possède bien un chemin lui permettant de passer d’une conformation stable en surface vers la conformation la plus stable.
Les conformations suivantes possèdent également ce genre de solution.
Un chemin avec une pente plus continue est possible mais un saut plus important de 3A est nécessaire.
Enantionère n°2
smiles: Cc1ccc(-c2ccccc2[C@@H]2CCNC2)cc1C
Le conformation la plus stable possède bien un chemin depuis une conformation en surface stable sans activation.
Etude de la molécule achetée
Enantiomère n°1
smiles: Cc1ccc(-c2cccc([C@H]3CCNC3)c2)cc1
Cette molécule est potentiellement meilleure que celle de la Chembl.
Enantiomère n°2
smiles: Cc1ccc(-c2cccc([C@@H]3CCNC3)c2)cc1
Cet énantiomère doit être moins bon que l’autre car il peut se stabiliser fortement en surface loin de la cavité et doit faire de grands sauts.
Etude de molécules qui ne fonctionnent pas
ex 1
smiles: CCCN1CC(NS(=O)(=O)N(CC)CC)CC2Cc3c(O)cccc3CC21
L”activation doit être la cause prinicipale du manque d’activité de cette molécule.
Cette conformation peut laisser un passage pour accéder à la cavité.
ex 2
Smiles: CN1CCc2cccc3c2[C@H]1Cc1ccc(O)c(O)c1-3
Cette molécule se stabilise très bien dans la cavité mais elle ne fonctionne pas car elle n’accède pas à une conformation stable en surface (saut entre conformations stable de plus de 4A)
Etude de molécules qui fonctionnent
smiles: CN(C)CCCN1c2ccccc2CCc2ccc(Cl)cc21
